تضم المكتبة عدد من التقسيمات كمجموعة المراجع (الموسوعات)، والمجموعة العامة، والمجموعة العمانية، والمجموعة الأجنبية، والرسائل الجامعية، والدوريات العلمية المحكمة وإصدارات الأكاديمية.

* مجموعة المراجع:

تتمثل في مصادر المعلومات المرجعية (كالموسوعات والقواميس والأطالس والكشافات وغيرها)، في كافة فروع المعرفة البشرية. حيث يبلغ عدد المراجع ما يقارب (1800) مرجع ولطبيعتها الخاصة من حيث الحجم وتعدد الأجزاء تمنع إعارتها خارج المكتبة.

* المجموعة العمانية:

تتمثل في مصادر المعلومات ذات السمة العمانية والمكتوبة عن السلطنة من قبل الباحثين العمانيين وغيرهم في مختلف الموضوعات سواء باللغة العربية أو الإنجليزية، إلى جانب مؤلفات الباحثين العمانيين ودراساتهم في كافة المجالات العلمية ويبلغ عدد كتب المجموعة العمانية في مكتبة الاكاديمية ما يقارب (1615) كتاب.

* المجموعة العامة:

وهي جميع مصادر المعلومات والتي تغطي جميع فروع العلم والمعرفة والتي يبلغ عددها في مكتبة الاكاديمية حالياً عددها ما يقارب (35000) كتاب.

* مجموعة المصادر الالكترونية (الرقمية):

وهي اشتراكات في مصادر معلومات الكترونية (رقمية) كاملة النص كالكتب والدوريات والرسائل الجامعية والمجلات العلمية.